Noua Fabia are cinci motoare pe benzină cu o capacitate de la 70 c.p. până la 105 c.p. Dezvoltătorii au acordat o atenţie deosebită reducerii nivelului de zgomot al motorului cu trei cilindri pe benzină 1.2 HTP.

Gama complet actualizată a motoarelor diesel constă dintr-un motor de 1.6 TDI 55 kw / 75 c.p. şi 1.6 TDI 66 kw / 90 c.p. Inovaţiile tehnice importante includ injecţia carburantului cu pompă de înaltă presiune Common Rail şi un sistem cu patru supape. Aceasta înseamnă că noile motoare funcţionează mult mai liniştit şi mai econom.

Împreună cu toate motoarele pot fi montate transmisii manuale, asigurând comutarea uşoară şi precisă a vitezelor, chiar şi în cazul circulaţiei cu opriri frecvente. Pentru un motor mai puternic 1.2 TSI cu 105 c.p. se propune o transmisie automată tiptronică nouă cu şapte trepte DSG cu ambreiaj dublu, utilizată pentru modelele Octavia, Yeti şi Superb.